A Igreja de São João, no centro histórico de São Luís, é cercada de histórias curiosas. Pra início de conversa, a igreja foi construída pelo governador e capitão geral , Ruy Vaz de Siqueira. No entanto, conta o padre João Felipe Bettendorff, superior dos jesuítas no estado do Maranhão e Grão Pará por dois períodos entre 1669-1693, que a edificação da primeira igreja dedicada ao santo, em 1665, foi a forma de reparar um adultério. Siqueira, que tivera uma filha com uma mulher casada, reparou o pecado de cristão mandando fazer a igreja.
No século XIX os sinos da Igreja de São João soavam todas as noites às dez da noite como toque de recolher para os escravos.
No século seguinte, em 1958, a retirada dos ossos do delator da Inconfidência Mineira, Silvério dos Reis, foram retirados da igreja quando mais uma reforma no prédio era realizada.
Em 1934, a igreja ganhara os traços neoclássicos que mantém até hoje depois de uma reforma. A fachada a inscrição “1665- Sancti Joannis Baptista Ecclesia – 1934) demarca as datas de contrução e sua reforma mais profunda.
