Na escala de avaliação da primeira edição do Exame Nacional de Avaliação da Formação Médica (Enamed), que avaliou 351 cursos de Medicina em todo o País, a curso de Medicina da Universidade Federal do Maranhão está entre as melhores avaliadas do país. Na segunda maior cidade do estado, a nota do curso foi 4, com participação de 81,4% dos concluintes.
Dentro desta avaliação que vai de 1 a 5 há uma porcentagem que mostra a quantidade de concluintes participantes igual ou acima da proficiência. Ou seja, apesar de 163 universidades conseguirem a excelência acadêmica, com notas 4 ou 5 no Conceito Enade.
A UFMA de São Luís está entre as últimas desta relação, na 148 posição entre as consideradas de excelência acadêmicas, com participação de pouco mais de 70% dos conclintes. Apenas duas alcançaram a porcentagem 100%: a Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR), no interior de São Paulo. e a Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS), em Três Lagoas.
Das 20 primeiras colocadas na avaliação 5 de excelência, cinco estão em estados da Região Nordeste: UFBA, em Vitória da Conquista (BA), Univasf, Petrolina (PE) e Paulo Afonso (BA), e a Universiodade de Pernambuco de Garanhuns.
Os conceitos da prova variam de 1 a 5 por curso. O MEC considera desempenho “abaixo do esperado” as notas 1 e 2.

